Ijzer en mangaan verwijderen met ozon wordt al geruime tijd gedaan. Dit werkt alleen bij het verwijderen van oplosbaar ijzer (Fe ll) en oplosbaar mangaan (Mn ll). Beide stoffen zijn (zoals de naam al aangeeft) opgelost in water waardoor deze niet uit het water te filteren zijn. Door de inzet van ozon zal oplosbaar ijzer oxideren tot ijzerhydroxide. Dit is vervolgens met behulp van een zandfilter eenvoudig uit het water te verwijderen.
Mangaan wordt met behulp van ozon geoxideerd tot mangaandioxide, wat ook eenvoudig door middel van zandfiltratie kan worden verwijderd.
Het verwijderen van beide stoffen met ozon is relatief eenvoudig, er moet wel rekening worden gehouden met overdosering.